Излишне уплаченный НДС можно зачесть в счет уплаты предстоящих платежей или недоимки по иным федеральным налогам

Подпункт 5 п. 1 ст. 21 НК РФ определяет, что налогоплательщик имеет право на своевременный зачет или возврат сумм излишне уплаченных либо излишне взысканных налогов, пени, штрафов.
Зачет (возврат) сумм излишне уплаченных налогов регламентируется ст. 78 НК РФ.
Речь идет о зачете переплаты по налогу на прибыль в счет погашения задолженности (недоимки) налогоплательщика по иному налогу.

Из п. 5 ст. 78 НК РФ следует, что такой зачет должен производиться налоговым органом самостоятельно. Соответствующее решение принимается налоговым органом в течение 10 дней со дня обнаружения им факта излишней уплаты налога или со дня подписания налоговым органом и налогоплательщиком акта совместной сверки уплаченных им налогов, если такая совместная сверка проводилась, либо со дня вступления в силу решения суда. При этом какого-либо заявления от налогоплательщика (равно как и его согласия на зачет) не требуется, сумма излишне уплаченного налога на погашение имеющейся задолженности может быть направлена налоговым органом без предварительного уведомления налогоплательщика.

Вместе с тем, указанный порядок не лишает налогоплательщика права и на самостоятельное представление в налоговый орган заявления о зачете суммы излишне уплаченного налога в счет погашения задолженности (недоимки). В этом случае решение налогового органа о зачете принимается в течение 10 дней со дня получения указанного заявления налогоплательщика или со дня подписания налоговым органом и этим налогоплательщиком акта совместной сверки уплаченных им налогов, если такая совместная сверка проводилась.
Форма применяемого в настоящее время заявления утверждена приказом ФНС России от 03.03.2015 N ММВ-7-8/90@ (приложение N 9).

Однако, говоря о возможности проведения зачета, нужно учитывать положения абзаца 2 п. 1 ст. 78 НК РФ, который предусматривает, что зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам.

В РФ устанавливаются следующие виды налогов и сборов: федеральные, региональные и местные (п. 1 ст. 12 НК РФ).

Следовательно, переплата федеральных налогов может быть зачтена в счет уплаты федеральных налогов, региональных налогов — в счет уплаты региональных, а местных — в счет уплаты местных.
В то же время в Вашей ситуации целесообразно учитывать следующее.

В силу п. 6 ст. 78 НК РФ сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату по письменному заявлению (заявлению, представленному в электронной форме с усиленной квалифицированной электронной подписью по телекоммуникационным каналам связи) налогоплательщика в течение одного месяца со дня получения налоговым органом такого заявления.

Возврат налогоплательщику суммы излишне уплаченного налога при наличии у него недоимки по иным налогам соответствующего вида или задолженности по соответствующим пеням, а также штрафам, подлежащим взысканию в случаях, предусмотренных НК РФ, производится только после зачета суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки (задолженности).

Таким образом, считаем, что в анализируемом случае организация вправе обратиться в налоговый орган с заявлением на возврат переплаты по налогу на прибыль.

Заявление на возврат подается по форме, утвержденной указанным выше приказом ФНС России от 03.03.2015 N ММВ-7-8/90@ (приложение N 8).

По общему правилу заявление о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы (п. 7 ст. 78 НК РФ).

Решение о возврате суммы излишне уплаченного налога принимается налоговым органом в течение 10 дней со дня получения заявления налогоплательщика о возврате суммы излишне уплаченного налога или со дня подписания налоговым органом и этим налогоплательщиком акта совместной сверки уплаченных им налогов, если такая совместная сверка проводилась (п. 8 ст. 78 НК РФ).

С учетом изложенного выше, получается, что излишне уплаченную сумму НДС можно зачесть, в частности, в счет уплаты предстоящих платежей или недоимки по акцизам, налогу на добычу полезных ископаемых, водному налогу. Кроме того, на основании положений п. 7 ст. 12, ст. 18 НК РФ считаем, что излишне уплаченную сумму НДС можно зачесть, например, в счет уплаты ЕНВД.